ВНИИЛК - ведущая организация в области разработки и внедрения нового оборудования и технологий переработки лубяных культур (лен, конопля, джут, рами, кенаф).

В области фундаментальных исследований институт работает в соответствии с научной проблемой программы Отделения механизации, электрификации и автоматизации РАСХН - разработать научные основы способов получения, конкурентоспособных лубоволокнистых материалов и создания технических средств для их реализации, методов квалиметрии и прогнозирования, системы НТД и принципов экономически выгодных взаимоотношений в отрасли, обеспечивающих ресурсосбережение, рентабельность производства и его экологическую безопасность.

ВНИИЛК выполняет прикладные научно-исследовательские работы в области уборки и промышленной переработки льна, конопли, организации безотходных производств льно- и пенькозаводов, разработке новых методов и средств по улучшению экономического состояния льно-коноплеперерабатывающих предприятий и др. ВНИИЛК является головным в научном обеспечении отрасли АПК по первичной обработке лубяных культур.